Eugeniusz Cękalski urodził się w Saratowie, ponieważ jego ojciec Wiktor Cękalski był inżynierem technologiem, który pracował przy budowie kolei. Rodzina wróciła do Warszawy, gdzie Eugeniusz został ochrzczony 8 lutego 1908 roku w kościele rzymsko-katolickim, a następnie przenieśli się do Częstochowy.
W 1910 roku ojciec Cękalskiego otrzymał posadę w Ordynacji Zamojskiej w Zwierzyńcu pod Zamościem. W 1915 roku cała rodzina została przymusowo ewakuowana do Rosji, gdzie ojciec przyszłego reżysera otrzymywał posady kolejno w Moskwie, Niżnim Tagilu i Kamienskoje pod Jekaterynosławiem.
W 1916 roku Cękalski uczęszczał do wstępnej klasy w polskim gimnazjum w Moskwie. Ale z powodu braku polskich szkół, zaczął naukę w domu.
W maju 1918 roku zmarł jego ojciec i wraz z matką oraz siostrą, gdy pozwoliły na to warunki polityczne, wrócili do Polski. Zamieszkali w Krasnymstawie, gdzie jego matka podjęła pracę urzędniczki państwowej. Cękalski najpierw podjął naukę w II klasie Gimnazjum Państwowego w Zamościu, ale szybko się przeniósł do Gimnazjum w Krasnymstawie, gdzie kolejno uczęszczał do klasy II, III i IV.
Z powodu działań wojennych w 1920 roku matka Eugeniusza Cękalskiego podupadła na zdrowiu i został on oddany na wychowanie do wuja w Warszawie. W tym samym roku podjął naukę w państwowej Szkole Mazowieckiej w Warszawie. Maturę zdał w 1925 roku. W roku 1926 rozpoczął studia polonistyczne na Uniwersytecie Warszawskim, bo jak pisał w podaniu na studia: „nabrałem szczerego umiłowania do literatury pięknej i postanowiłem oddać się studiom nad nią”. Równocześnie zafascynowany teatrem, podjął studia w Szkole Dramatycznej Aleksandra Zelwerowicza.
Z powodu kłopotów materialnych studiów nie ukończył. Pracował jako korepetytor, tłumacz, publicysta („Kwadryga”).
Był współzałożycielem Stowarzyszenia Miłośników Filmu Artystycznego Start (1930), aktywnym propagatorem sztuki filmowej. Związał się z Radą Naczelną Przemysłu Filmowego, Związkiem Producentów Filmów Krótkometrażowych i Spółdzielnią Autorów Filmowych SAF.
Po wybuchu wojny przedostał się do Francji. W 1940 roku kierował Biurem Filmowym przy Rządzie RP na Emigracji. Następnie w Wlk. Brytanii i USA kierował działem filmowym Polskiego Ośrodka Informacyjnego, realizując filmy dokumentalne obrazujące wysiłek narodu.
Po powrocie do Polski w 1946 roku prowadził działalność pedagogiczną. Był pierwszym dziekanem wydziału reżyserii PWSF w Łodzi (1948–1952).
Autor prac teoretycznych i podręczników, m.in. ABC taśmy filmowej, Jak powstaje film, Warsztat reżysera filmowego, Realizacja filmu.
1929 DRÓŻNIK NR 24 film krótkometrażowy (reżyseria)
1930 SZKODA TWOICH ŁEZ, DZIEWCZYNO film dokumentalny (realizacja)
1931 JAK POWSTAJE FILM? film dokumentalny (reżyseria)
1931 ŚWIT, DZIEŃ I NOC WARSZAWY film dokumentalny (reżyseria, zdjęcia)
1932 REPORTAŻ NR 1 i NR 2 film dokumentalny (realizacja)
1933 CZERWIEC film dokumentalny (reżyseria)
1933 MORZE film dokumentalny (reżyseria)
1934 BUDUJEMY film dokumentalny (reżyseria)
1934 CENTYMETR, GRAM, SEKUNDA film dokumentalny (reżyseria)
1934 HALLO! UWAGA! film dokumentalny (reżyseria)
1934 KAZIMIERZ NAD WISŁĄ film dokumentalny (reżyseria)
1934 RADIO film dokumentalny, nieeksploatowany (reżyseria)
1934 WŚRÓD GWIAZD film dokumentalny (reżyseria)
1935 ISTEBNA film dokumentalny (reżyseria)
1935 SEREK I CHLEB film dokumentalny (reżyseria)
1935 UWAGA film dokumentalny (reżyseria)
1936 KUJAWIAK film dokumentalny (reżyseria)
1936 LONDYN W OBIEKTYWIE FILMOWCÓW POLSKICH film dokumentalny (reżyseria, producent)
1936 NAD TAMIZĄ film dokumentalny (reżyseria, producent)
1936 TAŃCE GÓRALSKIE film dokumentalny (reżyseria)
1936 TAŃCE KRAKOWSKIE film dokumentalny (reżyseria)
1936 TAŃCE ŚLĄSKIE film dokumentalny (reżyseria)
1936 W KOPALNI WĘGLA film dokumentalny (reżyseria)
1936 WE MGLE film dokumentalny (reżyseria, producent)
1937 GORE film dokumentalny (reżyseria)
1937 NAD ŚWITEZIĄ film dokumentalny (reżyseria)
1937 SOBÓTKI film dokumentalny (reżyseria)
1937 TRZY ETIUDY CHOPINA film dokumentalny (reżyseria, producent, efekty specjalne)
1937 ZWIEDZAJMY WARSZAWĘ film dokumentalny (reżyseria)
1938 STRACHY (reżyseria, scenariusz)
1940 A POLISH SAILOR film dokumentalny (reżyseria)
1941 THE WHITE EAGLE film dokumentalny (reżyseria, lektor w wersji polskiej)
1941 THIS IS POLAND film dokumentalny (realizacja, producent)
1941 MAGAZYN FILMOWY NR 2 film dokumentalny (dźwięk, montaż)
1941 MAGAZYN FILMOWY NR 3 film dokumentalny (dźwięk, montaż)
1942 DIARY OF A POLISH AIRMAN film dokumentalny (reżyseria, scenariusz)
1942 POLAND'S NEW FRONT film dokumentalny (montaż)
1943 CALLING MR. SMITH film dokumentalny (producent)
1943 MISTRZ PADEREWSKI film dokumentalny (reżyseria, scenariusz)
1943 NIEDOKOŃCZONA PODRÓŻ film dokumentalny (reżyseria)
1943 SCOTTISH MAZURKA film dokumentalny (reżyseria, scenariusz)
1944 COLOR STUDIES OF CHOPIN film dokumentalny (reżyseria, scenariusz, zdjęcia)
1944 CHILDREN IN REFUGE film dokumentalny (reżyseria)
1944 POLISH UNDERGROUND film dokumentalny (komentarz)
1945 MARY VISITS POLAND film dokumentalny (reżyseria, zdjęcia, montaż)
1946 POLAND - THE COUNTRY AND THE PEOPLE film dokumentalny (reżyseria)
1946 WE SURVIVED film dokumentalny (reżyseria, scenariusz)
1946 WARSAW REBUILDS film dokumentalny (reżyseria, opracowanie wersji angielskiej)
1947 HARMONIA film krótkometrażowy (kierownictwo artystyczne)
1947 JASNE ŁANY (reżyseria, scenariusz)
1947 NASZE ZIEMIE ZACHODNIE film dokumentalny (reżyseria, komentarz)
1948 AKCJA NARODÓW ZJEDNOCZONYCH film dokumentalny (reżyseria)
1948 BRONEK Z WIDZEWA film dokumentalny (realizacja)
1948 ŻELAZOWA WOLA film dokumentalny (reżyseria)
1950 DWIE BRYGADY (scenariusz, opieka reżyserska)
1951 FELIKS DZIERŻYŃSKI film dokumentalny (reżyseria, scenariusz)
Nagrody
1937 TRZY ETIUDY CHOPINA Wenecja (Biennale): Wyróżnienie
1938 NAD ŚWITEZIĄ Lwów (Wystawa Filmowa): Nagroda Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego
1938 TRZY ETIUDY CHOPINA Lwów (Wystawa Filmowa): Nagroda Ministra Przemysłu i Handlu
1942 THE WHITE EAGLE Oscar (Nagroda Amerykańskiej Akademii Sztuki Filmowej): nominacja w kategorii: najlepszy film dokumentalny.
1946 MARY ODWIEDZA POLSKĘ Chicago (Konkurs Filmów Szkolnych): Wyróżnienie
1950 DWIE BRYGADY Nagroda Państwowa, zespołowa III stopnia: za realizację nagrodę otrzymał Eugeniusz Cękalski; za kierownictwo produkcji nagrodę otrzymał Zygmunt Król; za artystyczny montaż nagrodę otrzymała Joanna Rojewska; za scenariusz i scenopis nagrodę otrzymała Krystyna Swinarska; za scenariusz i scenopis nagrodę otrzymał Edward Szuster; za współrealizację (12 osób nie wymienionych z nazwiska).
Karlovy Vary (Międzynarodowy Festiwal Filmowy): Nagroda dla filmu eksperymentalnego orzeczenie jury: „film ten w nowatorski sposób ukazuje, jak dzięki współpracy artystów z robotnikami rodzi się nowa sztuka i wytwarza doskonalszy, socjalistyczny stosunek pracy”.
1951 ŻELAZOWA WOLA Rio de Janeiro (MFFK): Nagroda za krótkometrażowy film biograficzny
Bahia (FFK): I Nagroda
Bohater
1978 EUGENIUSZ CĘKALSKI. ANTONI BOHDZIEWICZ. ANDRZEJ MUNK film dokumentalny (bohater)